Будівництво Миколаївського костьолу була закінчені в 1909 р. по конкурсному проекті архітектора С.В.Валовського. Розробка проекту і будівництво здійснювалися під керівництвом відомого Київського архітектора В.В.Городецького. Тривало будівництво 10 років(1899-1909)

Архітектор В.В.Городецький народився на Україні, закінчив Петербурзьку академію мистецтв зі срібною медаллю. Його роботи були відзначені сміливістю інженерних рішень, використанням самих останніх досягнень науки і техніки. Для будівництва костьолу В.В.Городецький застосував новий для того часу будівельний матеріал - залізобетон. Миколаївський костьол - одне з найкрасивіших споруджень ХХ століття - побудований у стилізованих готичних формах з високими стрілчастими шпилями, відрізняється стрункими пропорціями, легкістю, ясністю композиційної структури. Серед кращих споруджень архітектора В.В. Городецького в Києві, крім костьолу, - будинку Державного музею українського образотворчого мистецтва, Караїмська кенаса (тепер - Будинок Актора) і його власний особняк (будинок з "химерами"). 

У 1909 р. костьол був освячений, хоча спорудження не було добудовано.

Після 1917 р. костьол закрили. У 30-ті роки використовували як складське приміщення, пізніше тут знаходився архів.

Під час Великої вітчизняної Війни будинок був значно зруйнований.

У грудні 1978 р. було прийняте рішення Ради Міністрів УРСР про створення в Києві Республіканського будинку органної і камерної музики Міністерства Культури УРСР і переустаткуванні для його концертного залу приміщення колишнього Миколаївського костьолу. Розміщення концертного залу в приміщенні колишнього костьолу вимагало проведення великої кількості робіт, необхідних для його функціонування в новій якості. Одночасно з реставрацією (автор проекту О.Граужис) проводилася і часткова реконструкція (автор проекту И.Тукалевський).

Особлива увага приділялася естетичному оформленню і створенню комфортних умов залу. Для оформлення інтер'єрів Удома були виготовлені в Прибалтиці кольорові вітражі, на Львівській меблевій фабриці - м'які стилізовані меблі, у Ківерцях Івано-Франківської області - високоякісний паркет.

Спеціально для концертного залу майстрами фірми "Ригер-Клосс" (м. Крнов, Чехословаччина) був сконструйований великий концертний орган. При конструюванні органа майстри намагалися наблизити його зовнішній вигляд до архітектурного стилю костьолу, що об'єднало унікальну архітектуру з унікальним інструментом.